يُعد المجلس العلمي هيئة استشارية عليا تُشرف على الشؤون الأكاديمية والبحثية في الكليات والمعاهد التابعة للهيئة الملكية للجبيل وينبع. يتمثل دوره الأساسي في الارتقاء بالعملية التعليمية والبحثية، وضمان جودة المخرجات الأكاديمية بما يتماشى مع استراتيجيات التنمية في المملكة العربية السعودية.

يتكون المجلس من رئيس يُعين بقرار من معالي رئيس الهيئة الملكية، رئيس المجلس الأعلى للكليات والمعاهد، إلى جانب أعضاء من هيئة التدريس من مختلف الكليات والمعاهد بدرجة أستاذ مشارك على الأقل، مع إشراك أعضاء خبراء متخصصين من الجامعات السعودية. ويعقد المجلس اجتماعاته بشكل دوري.

تتمثل المهام الرئيسية للمجلس العلمي في:

1. البت في الترقيات العلمية لأعضاء هيئة التدريس وفقاً لنظام مجلس التعليم العالي والجامعات ولوائحه.
2.  تقييم الشهادات العلمية التي يتقدم بها أعضاء هيئة التدريس.
3. النظر فيما يحال إليه من مجالس الكليات والمعاهد.
4. الإشراف على لجان تشجيع البحث العلمي والنشر.
5. تشجيع البحث العلمي والتأليف والترجمة والنشر وله في سبيل ذلك:

-  وضع قواعد لتشجيع إعداد البحوث العلمية.

-  اقتراح إنشاء مراكز البحث العلمي.

-  التنسيق بين مراكز البحث العلمي ووضع خطة عامة لها.    

-  تنظيم الصلة مع مراكز البحث العلمي خارج الكليات والمعاهد.

-  تحديد المكافآت التشجيعية والتقديرية للأعمال العلمية وتحكيمها والأمر بصرفها.

-  نشر البحوث والمؤلفات والرسائل العلمية التي يرى نشرها.

-  التوصية بإصدار الدوريات العلمية.

-  التوصية بإنشاء الجمعيات العلمية والتنسيق فيما بينها.

-  إقرار ما يحال إليه من الكتب الدراسية والرسائل الجامعية التي تحتاج إلى مراجعة.

-  إنشاء قاعدة معلومات للأبحاث والمصنفات العلمية لمنجزة.

كما يتابع المجلس تنفيذ خطط البحث العلمي، ويقترح آليات التعاون مع المؤسسات البحثية المحلية والدولية، ويسهم في تطوير البيئة الأكاديمية والبحثية. 

يُعتبر المجلس العلمي حلقة وصل بين الكليات والمعاهد والمجلس الأعلى للكليات والمعاهد، حيث يقدم التوصيات والمقترحات التي تسهم في تطوير العملية التعليمية والبحثية، بما يواكب متطلبات سوق العمل وأهداف التنمية الشاملة في المملكة العربية السعودية.